Es precedida por Ōgon no Kaze y es sucedida por la primera parte de un nuevo universo, es decir la parte 7, Steel Ball Run. En abril de 2021 se anunció una adaptación de anime, JoJo’s Bizarre Adventure: Stone Ocean.
La historia tiene lugar en el año 2011, diez años después de lo ocurrido en Ōgon no Kaze. Situada cerca de Port St. Lucie, Florida, la historia sigue a la hija de Jotaro Kujo, Jolyne Kujo, quien es acusada de asesinato y termina en Green Dolphin Street Jail. Se le entrega un amuleto heredado de su padre, que le corta la mano y desbloquea su habilidad de Stand, Stone Free, que le permite desenredar su cuerpo en una cuerda viva. La cuerda puede formar un stand humanoide a dos metros de distancia de su cuerpo, y puede extenderse aún más como cuerda. En la prisión, pronto se convierte en aliados incómodos con otros convictos y usuarios de Stand Ermes Costello (usuario de Kiss) y Gwess (usuario de Goo Goo Dolls).
Su padre Jotaro pronto viene a visitarla y le informa que un usuario de Stand llamado Johngalli A, un discípulo de DIO, la incriminó para que él pudiera matarla en la prisión, y le pide que escape. La ira de Jolyne hacia su padre, que ha estado ausente la mayor parte de su vida, se ve interrumpida por un doble ataque del Stand de Johngalli A, Manhattan Transfer y otro misterioso Stand llamado Whitesnake. Whitesnake usa su poder para eliminar el súper poderoso Stand de Jotaro, Star Platinum, y también sus recuerdos. Jotaro se hunde en un estado de muerte, y Jolyne debe de alguna manera encontrar una manera de recuperar Star Platinum del usuario de Whitesnake, el misterioso Enrico Pucci. En el camino, recoge a aliados como Emporio Alniño, un niño cuya difunta madre lo dio a luz en prisión, Foo Fighters, un Stand de plancton sensible que tomó la forma de un prisionero muerto, y el asesino convicto, Narciso Anasui ( usuario de Diver Down), a quien le gusta desarmar cosas y poner las piezas una al lado de la otra (fue encarcelado por hacer lo mismo con su novia y su amante). El más notable de sus aliados es Weather Report (usuario de Weather Report) , un amnésico que controla el clima y, en un ejemplo desconcertante, puede hacer que ranas venenosas lluevan del cielo. Está fuertemente implicado que Jolyne puede haber albergado algunos sentimientos románticos por él, aunque no tuvo tanta suerte para Anasui (que está locamente enamorado de Jolyne).
Finalmente, los motivos de poder de Pucci se hacen más claros a medida que avanza la historia. Conoció a DIO en algún momento antes de que ocurrieran los eventos de la Parte 3 y lo idolatraron cuando el vampiro se curó instantáneamente su pie desfigurado. Mientras estaba en la compañía de DIO, DIO habló de “Cielo” y cómo crear un “mundo perfecto” cuando se cumplían ciertas condiciones. Antes de que pudiera actuar en el plan de DIO, ocurrió la Parte 3. Pucci, manteniendo a DIO en su palabra, se obsesionó con la idea y adoró a DIO como un dios. Primero, necesitaba absorber los restos de los huesos de DIO para adquirir el conocimiento y el poder que se le había perdido. Segundo, necesitaba llegar a un lugar predestinado en la noche de la luna nueva. Por supuesto, al estar conectados los linajes de Dio y Joestar, él también obtiene una marca de nacimiento de la estrella, sin querer, advirtiéndole a Jolyne a dónde iba.
Jolyne, Ermes y Emporio escapan de la prisión en su búsqueda de Pucci, mientras que Anasui y Weather Report también escapan en busca de Jolyne. A través de muchas dificultades, logra enviar ambos discos a la Speedwagon Foundation y rápidamente comienza la “resurrección” de Jotaro. Pronto, Jolyne y sus aliados se enfrentan con los hijos ilegítimos de DIO, a cada uno de los cuales se les han despertado sus habilidades de Stand gracias a que Pucci obtuvo las habilidades de DIO después de leer el disco de memoria de Jotaro. Durante el enfrentamiento con el tercer hijo, se le devuelve el disco de memoria de Versus, Weather, después de lo cual recuerda que Pucci es su hermano perdido, responsable de atacar el clima y, sin querer, matar a su hermana mayor en el proceso. . Mientras Weather desata los verdaderos poderes de su Stand como Heavy Weather en el mundo, Pucci se enfrenta con él en combate. Weather Report finalmente es asesinado después de ser distraído por la llegada de Jolyne, y Pucci continúa hacia Cabo Cañaveral a tiempo para la luna nueva.
Jolyne y compañía se dedican a la persecución con el padre Pucci, solo para enfrentar la próxima evolución de Whitesnake, C-Moon, un Stand que altera el campo gravitatorio alrededor de Pucci. Aunque un Jotaro revivido llega para ayudar a su hija y a sus amigos en la lucha, Pucci logra su objetivo a medida que C-Moon evoluciona una vez más a su forma final: Made in Heaven. Usando Made in Heaven, Pucci puede acelerar la rotación de la Tierra (y, por lo tanto, el tiempo), y durante ese tiempo procede a matar a Jolyne, Jotaro, Anasui y Ermes frente a Emporio. Los efectos finales de Made in Heaven se completan cuando el tiempo se acelera hasta el final del universo, lo que lleva a un nuevo ciclo de tiempo y un universo paralelo donde todos los humanos supervivientes tienen una comprensión precognitiva de las acciones predestinadas en sus vidas. Pucci, creyendo que tal conocimiento del destino les traerá felicidad, procede a perseguir a Emporio para asegurar que el futuro no cambie. Cuando está a punto de matar a Emporio, involuntariamente ayuda a Emporio a insertar el disco de Stand de Weather Report, que llevaba desde la muerte de Weather, permitiendo a Emporio obtener los poderes del Stand Weather Report para sofocar a Pucci hasta la muerte y restablecer el tiempo por completo.
Dentro del universo recientemente restablecido, Emporio se encuentra con un joven mujer que se parece a Ermes que acaba de ser expulsado del autobús por no haber tenido el cambio exacto. Después de esto, una pareja en un automóvil que necesita combustible se presenta como Irene y Anakis, que se parecen a Jolyne y Anasui, a Emporio y a la otra mujer, ofreciéndoles a los dos un paseo mientras se dirigen a ver al padre de Irene para que Anakis pueda pedirle La mano de Irene en el matrimonio. Cuando Irene se quita la chaqueta para mantener seco a Emporio, él ve su marca de nacimiento en forma de estrella, y finalmente se presenta. Mientras conducen bajo la lluvia, Irene empuja a Anakis a buscar a otro autoestopista que tiene un parecido sorprendente con Weather Report.